XML で欲しい PubMed

PMID がわかっている文献の PubMed での情報を欲しいときがある。自前のプログラムで読みにいくわけだから、もちろん XML で欲しい。その方法を知るのに時間がかかったのでメモ。

使用する util は pmfetch.cgi。

使い方→ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/pmfetch_help.html

mode=file の お試し例↓
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/pmfetch.cgi?db=pubmed&id=16755505&report=XML&mode=file

mode=text の お試し例↓
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/utils/pmfetch.cgi?db=pubmed&id=10910347&report=XML&mode=text

だぶん post でもいけると思う。

後日

最近は efetch.fcgi の方がいいとのことで。

使い方↓
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/efetchlit_help.html

例↓
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=16413185&retmode=xml

ちゃんと書くならこんな感じか↓
http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&id=16413185&retmode=xml&mode=file&tool=ツール名&email=メールアドレス